Arrivé au Louvre avec les caisses des partages de fouilles du Sérapéum, le registre est utilisé par Rougé, Devéria et Mariette pour inventorier les objets attribués à la France. En 1857, Mariette repart en Égypte et ne travaillera plus au Louvre ; Devéria meurt en 1871, Rougé en 1872.
Ensuite, selon les renseignements dont diposent les Archives des musées nationaux, le manuscrit est emprunté en 1884, avec l'autorisation du directeur du Louvre, par Eugène Grébaut, directeur de la Mission archéologique française au Caire puis directeur du Service des antiquités de l'Egypte jusqu'en 1892. En 1895, l'administration des musées le lui réclame à trois reprises, pour obtenir finalement sa restitution... en 1905 ! Le Louvre n'a pourtant guère le temps d'en tirer parti, car il est de nouveau prêté peu de temps après, officieusement cette fois, à Jean Capart, qui se croit autorisé à l'emporter au musée de Bruxelles dont il était un collaborateur. Or, il s'agit d'un document produit par un membre de l'administration française dans l'exercice de ses fonctions. C'en est trop pour l'administration des musées et celle des archives : le scandale est public, avec articles dans la presse et interpellation à l'Assemblée nationale. On peut admettre, sinon comprendre, qu'une fois récupéré par la conservation des Antiquités égyptiennes, le manuscrit ait dès lors été un peu "surprotégé", et qu'il ait poursuivi son existence dans la plus grande discrétion.
Il a depuis beaucoup servi, mais sans jamais être clairement signalé à l'attention des chercheurs : à peu près toutes les stèles du Sérapéum, les "briques magiques", la bijouterie de Khâemouaset, les statues et reliefs de l'Ancien Empire ont été cochés dans la marge par diverses personnes, et Jacques Vandier a signé certaines annotations. Ici et là dans les publications du XXe siècle, on remarque des mentions énigmatiques du "journal de fouilles du Sérapéum" ou de "notes manuscrites de Mariette", conservés au Louvre.
Le sortir de la semi-clandestinité et éviter ainsi aux chercheurs, de génération en génération, de refaire les mêmes enquêtes est le but de ce travail.
Pour une histoire plus détaillée de ce manuscrit, voir E. David, « Dispersion et remembrement des archives du Sérapéum. Une enquête à rebondissements », Actes du colloque Mariette-Deux siècles après, Boulogne sur Mer, septembre 2021.